MI Sunan Giri 2 tidak hanya fokus pada prestasi akademik, tetapi juga menempatkan pendidikan karakter berbasis agama sebagai fondasi utama. Salah satu kegiatan unggulan yang menjadi ruh dari madrasah ini adalah program Mengaji Pagi dan Tahfidz Qur’an.

Setiap pagi, sebelum buku pelajaran dibuka, suasana madrasah sudah riuh rendah dengan lantunan ayat suci Al-Qur’an. Kegiatan ini dirancang untuk memastikan setiap lulusan MI Sunan Giri 2 tidak hanya cerdas secara intelektual, tapi juga akrab dengan kitab sucinya.